El equipo de Tecmo Koei tomó las riendas de la franquicia de Pokémon para fusionarla con los juegos de Nobunaga's Ambition –una serie exclusivas de Japón–. Esta mezcla resultó en un gran juego de estrategia por turnos que hará que los veteranos del género recuerden de inmediato títulos como Fire Emblem o Final Fantasy Tactics. A pesar de que jugarlo requiere una forma de pensar distinta a las acostumbradas versiones de Pokémon, las batallas introductorias de Pokémon Conquest ayudarán a que cualquiera pueda convertirse en un experto.

La historia de Pokémon Conquest se lleva a cabo en una época análoga al periodo Sengoku del Japón feudal en la región de Ransei, que se dice que fue creada por el Pokémon legendario Arceus, consta de 17 reinos, cada uno controlado por un Warlord. En ningún título de Pokémon debe faltar la aparición de una criatura legendaria que pueda ser atrapada, y en este caso se dice que si un Warlord logra controlar estos 17 reinos, Arceus aparecerá, ya sea para unificar o para destruir los reinos según la naturaleza del líder que lo invoque. Es por ello que todos estos señores de la guerra y sus reclutas pelean constantemente contra otros reinos, pues aquel que gane una batalla contra un Warlord ganará el control de ese castillo.

[p]Como en cualquier título de Pokémon, el juego no se enfoca en contar la historia, por lo que verás muy pocos cortos. Tomarás el lugar de un –o una, según elijas– joven y su Eevee que llegan a Ransei para tomar el mando de Aurora, un reino especializado en los pokémon del tipo Normal. Tu tarea consistirá en conquistar los castillos de Ransei para que la leyenda se vuelva realidad; otros Warlords podrían invadir algunos de los castillos que controles, por lo que tendrás que ubicar tropas en cada uno de ellos; cada reino se especializa en un tipo de Pokémon y será importante tomarlo en cuenta al asignar a tus soldados. Tu tarea no será fácil, pues tendrás que acabar con el poderoso Nobunaga, amo de todo el norte, quien está empeñado en lograr la misma hazaña y extender sus dominios al sur.

En Ransei no existen las pokébolas, los pokémon y sus amos tienen un vínculo que es representado por un porcentaje. Esta cantidad determina qué tan poderoso es tu Pokémon y crece cada vez que ganas una batalla o realizas otra actividad como ir de compras, minar oro o comer ponigiris, un alimento para incrementar la energía de tus pokémon. Cada recluta puede tener más de un Pokémon para tratar de crear un link perfecto de 100% con alguno de ellos, pues esta relación no puede lograrse con cualquier combinación de entrenador. Hay 200 pokémon disponibles que varían desde los existentes en las versiones Red y Blue hasta aquellos de Black y White. Cada Pokémon puede evolucionar de distintas maneras, hay algunos que necesitan ganar una pelea después de darles una piedra específica, y otros simplemente necesitan tener un porcentaje alto en el vínculo con su entrenador.

En cuanto a la forma de pelea, los pokémon se moverán por turnos dentro del mapa y de la misma forma atacarán a sus enemigos o capturararán banderas. A pesar que cada Pokémon tiene un solo tipo de ataque, las peleas no suelen ser monótonas, ya que cada escenario impone distintas condiciones a las que tendrás que adaptarte. Aquí aplican las mismas reglas que en cualquier RPG: haces más daño cuando atacas a tu oponente por los costados, por atrás o en una zona más alta, sin olvidar que ciertos tipos de pokémon serán más efectivos contra otros.